DM.198.18b PostDoc/Research Scientist

07.12.2018Forschung und WissenschaftBerufserfahrene

Bewerbungsfrist 21.12.2018

Institut für Physiologie CCM — CCM

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    Unternehmensbeschreibung

    Die CharitéUniversitätsmedizin Berlin ist eine gemeinsame Einrichtung der Freien Universität Berlin und der Humboldt-Universität zu Berlin. Sie hat als eines der größten Universitätsklinika Europas mit bedeutender Geschichte eine führende Rolle in Forschung, Lehre und Krankenversorgung inne. Aber auch als modernes Unternehmen mit Zertifizierungen im medizinischen, klinischen und im Management-Bereich tritt die Charité hervor.

    Stellenbeschreibung

    Einsatzgebiet

    We (Volkamer lab) are a young, energetic and interdisciplinary research group with focus on development of structure-based methods for computer-aided drug design and risk assessment. The research field of the group englobes diverse aspects of structural bioinformatics (e.g., protein active site prediction, analysis and comparison, pharmacophores, (off-)target prediction, docking and inhibitor design and optimization) and cheminformatics (e.g. machine learning for activity and toxicity prediction). We mainly focus on method development and their application in the computer-aided drug discovery (CADD) context, i.e., for for rational design of more selective and less toxic substances, especially in the context of cancer research. More at https://physiologie-ccm.charite.de/en/research_at_the_institute/team_volkamer
    The new project is in collaboration with the Chodera lab (see http://choderalab.org)

    Aufgabengebiet

    • Project description: We are seeking a talented postdoctoral fellow to work at the interface of structure-informed machine learning and alchemical free energy calculations as part of an exciting new collaboration between Prof. Dr. Andrea Volkamer and BIH Einstein Visiting Fellow Prof. Dr. John Chodera. This project seeks to develop an integrated framework for utilizing both state-of-the-art machine learning approaches and free energy calculations to exploit structural data, assay data, and scalable computing resources to predict the polypharmacology of small molecule kinase inhibitors. The postdoc will be embedded in the Volkamer group, situated within the exciting research environment of the Charité in Berlin, and make a few extended visits to the Chodera lab at the Memorial Sloan Kettering Cancer Center in New York City. The postdoc will be jointly supervised by Andrea Volkamer and John Chodera, with John Chodera making several extended visits to the Charité per year under the auspices of the BIH Einstein Visiting Fellowship.
    • Work will focus on the development of absolute and relative alchemical free energy calculations approaches and their integration with structure-informed machine learning approaches for predicting ligand binding affinities, kinase polypharmacology, and the susceptibility of inhibitor binding affinities to clinical resistance mutations. The postdoc will focus on extending our open source GPU-accelerated Python toolkits (such as openmmtools, yank, and perses) for protein-ligand absolute and relative alchemical free energy calculations (built on OpenMM) and the development of robust modeling and prediction workflows. This is an exciting opportunity to work at the intersection of physical modeling, machine learning, and drug discovery as a stepping stone to a career in industry or academia.

    Voraussetzungen

    • Desired qualifications:
    • PhD/Dr.rer.nat in life or computational science, bioinformatics, or equivalent life or natural sciences with an excellent scientific degree
    • Experience with the theory and practice of small molecule alchemical free energy calculations
    • Comfortable with the Python programming language, exposure to modern open source software development practices (GitHub, unit tests, continuous integration)
    • Good multidisciplinary team working and communication skills
    • Bonus qualifications:
    • Experience with high-performance computing clusters and/or cloud computing
    • Experience with OpenMM or machine learning frameworks such as TensorFlow
    • Experience with cheminformatics, computer-aided drug discovery and/or kinase inhibition
    • Interested candidates are invited to send an application including:
    • a cover letter explaining your motivation, background, and qualifications for the position
    • a detailed Curriculum Vitae (including publications where applicable)
    • contact information of two references and copies of diplomas and a list of your courses taken and grades obtained

    Arbeitsbedingungen & Leistungen

    Einstellungstermin

    01.02.2019

    Beschäftigungsdauer

    31.01.2022 (3 years)

    Arbeitszeit

    100%

    Vergütung

    E13 TVöD VKA-K; Employees are grouped into pay scales according to their qualifications and personal requirements. You can find our collective bargaining agreements (Tarifverträge) here: https://www.charite.de/en/careers/

    Organisatorisches

    Zusatzinformationen

    Die CharitéUniversitätsmedizin Berlin trifft ihre Personalentscheidungen nach Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung. Die Charité strebt eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an und fordert Frauen daher nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Bei gleichwertiger Qualifikation werden Frauen im Rahmen der rechtlichen Möglichkeiten vorrangig berücksichtigt. Bewerbungen von Menschen mit Migrationshintergrund, die die Einstellungsvoraussetzungen erfüllen, sind ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Bei der Einstellung wird ein polizeiliches Führungszeugnis, teilweise ein erweitertes Führungszeugnis verlangt. Die Bewerbungsunterlagen können leider nur dann zurückgeschickt werden, wenn ein ausreichend frankierter Rückumschlag beigefügt ist. Eventuell anfallende Reisekosten können nicht erstattet werden.

    Datenschutzhinweis

    Die Charité weist darauf hin, dass im Rahmen und zu Zwecken des Bewerbungsverfahrens an verschiedenen Stellen in der Charité (z.B. Fachbereich, Personalvertretung, Personalabteilung) personenbezogene Daten gespeichert und verarbeitet werden. Weiterhin können die Daten innerhalb des Konzerns sowie an Stellen außerhalb (z.B. Behörden) zur Wahrung berechtigter Interessen übermittelt bzw. verarbeitet werden. Mit Ihrer Bewerbung stimmen Sie unseren Datenschutz- und Nutzungsbestimmungen für Bewerbungsverfahren, die Sie hier finden, zu.

    Kennziffer

    DM.198.18b

    Bewerbungsfrist

    21.12.2018

    Bewerbungsanschrift

    einstein@choderalab.org

    Ansprechpartner für Nachfragen

    andrea.volkamer@charite.de

    Arbeiten an der Charité


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