DM.198.18a PostDoktorand*in/Wissenschaftliche(r) Mitarbeiter*in

07.12.2018Forschung und WissenschaftBerufserfahrene

Bewerbungsfrist 21.12.2018

Institut für Physiologie CCM — CCM

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    Unternehmensbeschreibung

    Die CharitéUniversitätsmedizin Berlin ist eine gemeinsame Einrichtung der Freien Universität Berlin und der Humboldt-Universität zu Berlin. Sie hat als eines der größten Universitätsklinika Europas mit bedeutender Geschichte eine führende Rolle in Forschung, Lehre und Krankenversorgung inne. Aber auch als modernes Unternehmen mit Zertifizierungen im medizinischen, klinischen und im Management-Bereich tritt die Charité hervor.

    Stellenbeschreibung

    Einsatzgebiet

    Wir (AG Volkamer) sind eine junge, energische und interdisziplinäre Forschungsgruppe mit Schwerpunkt auf der Entwicklung strukturbasierter Methoden für das computergestützte Wirkstoffdesign und die Risikobewertung. Das Forschungsfeld der Gruppe umfasst verschiedene Aspekte der strukturellen Bioinformatik (z.B. Vorhersage, Analyse und Vergleich aktiver Zentren im Protein, Pharmakophore, (Off-)Targetvorhersage, Docking und Inhibitordesign sowie Optimierung) und der Chemieinformatik (z.B. maschinelles Lernen zur Aktivitäts- und Toxizitätsvorhersage). Wir konzentrieren uns hauptsächlich auf die Methodenentwicklung und deren Anwendung im Rahmen des computergestützten Wirkstoffentwicklung, d.h. für das rationale Design selektiver und weniger toxischer Substanzen, insbesondere im Rahmen der Krebsforschung. Mehr unter https://physiologie-ccm.charite.de/forschung_am_institut/ag_volkamer/

    Aufgabengebiet

    • Im Rahmen einer spannenden neuen Zusammenarbeit zwischen Prof. Dr. Andrea Volkamer und BIH Einstein Visiting Fellow Prof. Dr. John Chodera suchen wir eine(n) talentierte(n) Postdoc für die Arbeit an der Schnittstelle von strukturinformiertem maschinellen Lernen und alchemistischen Berechnungen freier Energie. Dieses Projekt zielt darauf ab, ein integriertes Framework zu entwickeln, das sowohl modernste maschinelle Lernansätze als auch Berechnungen der freien Energie nutzt, um Strukturdaten, Testdaten und skalierbare Computerressourcen zu nutzen, um die Polypharmakologie von Kinase-Inhibitoren vorherzusagen. Die/der Postdoc wird in die AG Volkamer eingebettet, die sich im spannenden Forschungsumfeld der Charité in Berlin befindet, und einige längere Besuche im Chodera-Labor am Memorial Sloan Kettering Cancer Center in New York City machen. Die/der Postdoc wird gemeinsam von Andrea Volkamer und John Chodera betreut, wobei John Chodera unter der Schirmherrschaft des BIH Einstein Visiting Fellowship mehrere längere Aufenthalte an der Charité pro Jahr macht.
    • Der Schwerpunkt der Arbeiten liegt auf der Entwicklung absoluter und relativer alchemistischer Ansätze zur Berechnung der freien Energie und deren Integration mit strukturinformierten maschinellen Lernansätzen zur Vorhersage von Ligandenbindungsaffinitäten, der Kinase-Polypharmakologie und der Anfälligkeit von Inhibitorbindungsaffinitäten für klinisch-relevante Mutationen. Die/der Postdoc wird sich auf die Erweiterung unserer Open-Source-GPU-beschleunigten Python-Toolkits (wie openmmtools, yank und perses) für absolute und relative alchemistische freie Energieberechnungen (basierend auf OpenMM) und die Entwicklung robuster Modellierungs- und Vorhersage-Workflows konzentrieren. Dies ist eine spannende Gelegenheit, an der Schnittstelle von physischer Modellierung, maschinellem Lernen und Medikamentenentwicklung als Sprungbrett für eine Karriere in der Industrie oder Wissenschaft zu arbeiten.

    Voraussetzungen

    • Gewünschte Qualifikationen:
    • PhD/Dr.rer.nat in Lebens-, Natur- oder Computerwissenschaften, Bioinformatik oder gleichwertigen Wissenschaften mit einem exzellenten wissenschaftlichen Abschluss.
    • Erfahrung mit der Theorie und Praxis der Berechnungen der alchemistischen freien Energie kleiner Moleküle
    • Beherrschung der Programmiersprache Python, Umgang mit modernen Open-Source-Softwareentwicklungsmethoden (GitHub, Unit-Tests, kontinuierliche Integration)
    • Gute multidisziplinäre Teamarbeit und Kommunikationsfähigkeiten
    • Bonus-Qualifikationen:
    • Erfahrung mit High-Performance-Computing-Clustern und/oder Cloud Computing
    • Erfahrung mit OpenMM oder maschinellen Lernframeworks wie TensorFlow
    • Erfahrungen mit Chemieinformatik, computergestützter Wirkstofffindung und/oder Kinase-Hemmung
    • Interessierte Kandidaten werden gebeten, eine Bewerbung mit folgenden Angaben zu senden:
    • ein Anschreiben, in dem Ihre Motivation, Ihr Hintergrund und Ihre Qualifikation für die Stelle dargelegt werden
    • einen detaillierten Lebenslauf (ggf. mit Veröffentlichungen)
    • Kontaktinformationen von zwei Referenzen und Kopien von Diplomen sowie eine Auflistung Ihrer absolvierten Kurse und erzielten Noten

    Arbeitsbedingungen & Leistungen

    Einstellungstermin

    01.02.2019

    Beschäftigungsdauer

    31.01.2022 (3 Jahre)

    Arbeitszeit

    volle Wochenarbeitszeit

    Vergütung

    E13 TVöD VKA-K; Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation und der persönlichen Voraussetzungen. Hier finden Sie unsere Tarifverträge www.charite.de/karriere/

    Organisatorisches

    Zusatzinformationen

    Die CharitéUniversitätsmedizin Berlin trifft ihre Personalentscheidungen nach Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung. Die Charité strebt eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an und fordert Frauen daher nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Bei gleichwertiger Qualifikation werden Frauen im Rahmen der rechtlichen Möglichkeiten vorrangig berücksichtigt. Bewerbungen von Menschen mit Migrationshintergrund, die die Einstellungsvoraussetzungen erfüllen, sind ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Bei der Einstellung wird ein polizeiliches Führungszeugnis, teilweise ein erweitertes Führungszeugnis verlangt. Die Bewerbungsunterlagen können leider nur dann zurückgeschickt werden, wenn ein ausreichend frankierter Rückumschlag beigefügt ist. Eventuell anfallende Reisekosten können nicht erstattet werden.

    Datenschutzhinweis

    Die Charité weist darauf hin, dass im Rahmen und zu Zwecken des Bewerbungsverfahrens an verschiedenen Stellen in der Charité (z.B. Fachbereich, Personalvertretung, Personalabteilung) personenbezogene Daten gespeichert und verarbeitet werden. Weiterhin können die Daten innerhalb des Konzerns sowie an Stellen außerhalb (z.B. Behörden) zur Wahrung berechtigter Interessen übermittelt bzw. verarbeitet werden. Mit Ihrer Bewerbung stimmen Sie unseren Datenschutz- und Nutzungsbestimmungen für Bewerbungsverfahren, die Sie hier finden, zu.

    Kennziffer

    DM.198.18a

    Bewerbungsfrist

    21.12.2018

    Bewerbungsanschrift

    einstein@choderalab.org

    Ansprechpartner für Nachfragen

    andrea.volkamer@charite.de

    Arbeiten an der Charité


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